Lebih parah lagi, transfer dana tidak diiringi dengan penguatan kelembagaan desa. Banyak perangkat desa masih minim kapasitas dalam perencanaan strategis, manajemen usaha, dan pengelolaan data. Hal ini menyebabkan penggunaan dana didasarkan pada rutinitas, bukan berdasarkan pemetaan potensi ekonomi yang berbasis bukti. Ketika kapasitas rendah bertemu dengan dana besar, hasilnya bukan pemberdayaan, tetapi stagnasi.
Sistem transfer fiskal di Indonesia juga memiliki karakteristik top-down fiscal design, yaitu desain kebijakan yang mengedepankan instruksi dari atas ke bawah. Pemerintah pusat menetapkan prioritas, lalu desa mengikuti alokasi tersebut dengan sedikit ruang untuk inovasi. Akibatnya, banyak desa tidak merasa memiliki agenda pembangunan mereka sendiri. Ketika tidak ada otonomi fiskal sejati, maka tidak ada motivasi struktural untuk membangun kemandirian.
Ketergantungan juga diperkuat oleh absennya mekanisme insentif fiskal. Dalam sistem saat ini, desa yang kreatif dan mampu meningkatkan pendapatan asli desa (PADes) tidak mendapatkan perlakuan berbeda dari desa yang hanya bergantung pada transfer pusat. Ini menciptakan equal treatment bias yang melemahkan semangat kompetisi sehat dalam pengelolaan fiskal desa.
